La cuenca del río Cuiabá, comienza en la región del municipio de Nobres, más caudaloso por la afluencia del río Manso, ahora se denomina río Cuiabá, con un ancho promedio de 150 m, sus principales afluentes son el Ribeirão Pari y el Manso, São Lourenço y Coxipó.

El río Coxipó pasa por todo el municipio de Cuiabá, con nacimiento en el Parque Nacional Chapada dos Guimarães, se encuentra con el río Cuiabá en la comunidad de São Gonçalo Beira-Rio, que sigue su destino camino de los ríos Paraguai y Pantanal .